Le ricerche attuali stanno ipotizzando che tipo di parto, età gestazionale, alcuni regimi alimentari, inquinamento ambientale e stili di vita alterati, possano essere responsabili di modificazioni a carico dei processi metabolici del microbioma e della sua minor biodiversità all’interno dell’ecosistema enterico. L'alterazione del microbioma potrebbe essere, a sua volta, alla base dei più frequenti disturbi intestinali, per l'alterazione della sua attività di barriera con conseguente infiammazione dei tessuti. Inoltre, potrebbe esistere una correlazione tra obesità, malattie allergiche e microbioma, ed ancora tra microbioma e funzioni cognitive a causa di alterati i segnali che dall'intestino raggiungono il cervello, inserendosi e interferendo nella comunicazione dell’asse intestino-cervello. Alla luce di queste recenti scoperte l’organismo umano dovrebbe essere considerato come un complesso network integrato in cui i sistemi nervoso, enterico, immunitario ed endocrino agiscono in sinergia tra loro mettendo in atto le reazioni vitali di adattamento dell’organismo ai cambiamenti che avvengono all’esterno.